依托大肠癌、胃癌、肝细胞肝癌等高发现场及临床医院基地，通过大规模流行病学研究及现代分子生物学技术，重点研究环境因素中的生物病因（病毒、细菌及微囊藻等）在肿瘤发生发展中的作用，揭示生物病因致癌变的分子机制，为干预阻断癌前病变提供新的靶点。应用先进分子生物学技术与方法，筛选及研究肿瘤相关基因，从基因组、蛋白质组信息与外界环境相互作用的高度，阐明其功能以深化对肿瘤发病机制的认识，并详尽的了解常见肿瘤的分子改变规律，以寻找恶性肿瘤特异性的诊断与治疗靶点，为肿瘤早期诊断、综合治疗提供新思路、新途径、新技术。
（1）肿瘤生物病因学研究：选择已有较好前期工作基础大肠癌、胃癌、肝细胞肝癌等常见恶性肿瘤为生物病因研究切入点，应用分子生物学、细胞生物学、细胞毒理学、分析化学和实验病理等多种技术，建立生物因素（病毒、细菌）致癌的细胞及动物实验模型，明确其作用靶点，分子机制及信号转导通路，寻找干预阻断生物病因的靶点。
（2）恶性肿瘤相关基因研究：从细胞信号传导、细胞周期等方面，研究恶性肿瘤不同阶段基因表达谱的改变，克隆肿瘤相关的新基因；以基因调控网络及节点的观点，研究其功能、信号传导通路和分子机理；研究涉及分裂、分化、与凋亡基因群的时空表达及其蛋白产物的相互作用，探讨肿瘤细胞增殖/死亡平衡失调的主要分子靶点，以及修复这种失调的理论基础。揭示肿瘤发生、发展、转移及浸润不同阶段的分子事件，包括染色体、基因组、转录组、蛋白质组等不同水平的改变，建立寻找肿瘤的早期诊断标志物，发现肿瘤特异性干预靶点的实验与理论基础。
